职能部门

院长办公室（应急办、发展办） 党委办公室（新闻办） 监察室 行风办 工会 团委 离退休办公室 医务处（质控办、医患沟通办、医保办） 医联体工作办公室 科研科 教育科 人事科 护理部 感染管理科 审计科 保卫科 信息科 门诊部 财务科 总务科 医疗设备科（采购中心）

临床科室

牙体牙髓病科 牙周病科 口腔黏膜病科 儿童口腔科 口腔颌面外科（口腔颌面外科门诊、口腔颌面外科病区） 口腔修复科 口腔正畸科 口腔种植科 口腔麻醉科 预防口腔科 耳鼻咽喉科 口腔急诊/综合科 高级专家诊疗科

医技科室

口腔颌面医学影像科 口腔病理科 检验科 药学部 口腔修复工艺科

分部

江北口腔医学中心 第一门诊部 第二门诊部 第三门诊部 第四门诊部 第五门诊部

其他

数字化工程中心 药物临床试验机构 中心实验室 南京市口腔卫生指导中心