南京大学医学院附属口腔医院暨南京市口腔医院、南京大学口腔医学院走过了七十余年的不平凡历程。
总体来说，医院经历了艰苦创立，曲折发展，走向全盛三个阶段。
一、中央卫生实验院牙病防治所（1947年3月1日-1949年3月15日）
1947年3月1日，在中华民国首都南京，成立中央卫生实验院牙病防治所。这是南京最早的一所牙科防治机构，地址在中华门内下江考棚。1947年初，由中央卫生实验院贾骥道、刘应昌及牙科设计委员会詹龙聃等，会同联合国慈善救济总署派来的美国牙医顾问 Dr. Normano Harris 及Dr.Paulagrubb 牙医师与南京市立第一医院杨树信院长共同商讨决定，以市立第一医院牙科为基础，扩充诊室，增添人员，用联总带来的一批牙科器材设备（20余箱），于同年3月1日成立中央卫生实验院牙病防治所。卫生实验院任命中央医院牙科主任龙哲三兼任所长。1948年，另委任夏耀珊为所长。1948年底，夏耀珊请假到台湾，委托医务主任李代鹄代理所长。1949年3月16日，划入南京市立第一医院，为该院牙科。 牙病防治所成立之初，全套医疗设备是从联合国慈善救济总署调拨来的，包括简易综合治疗台5张、牙科椅5张、简易牙科椅4张、牙科X光线机1架和一些零星器械；医疗用房不到280平方米；医务人员17人，其中医技人员13人；开展牙体牙髓治疗、牙槽外科手术以及假牙修复等医疗项目；每月门诊工作量500～600人次，平均日门诊量20人次。

二、南京市立牙症防治所（1952年12月1日-1958年5月1日）
1952年8月，在南京市卫生局领导下，由南京市立第一医院牙科（原中央卫生实验院牙病防治所人员）为主的李代鹄、廖荫清一方，洪范宇牙科诊所及社会开业牙医的洪范宇一方，市鼓楼医院牙科的李文思、李天命一方，三方组成五人筹备小组，负责筹建规模较大的专业卫生机构—南京市立牙症防治所，所址在长江路1号，于1952年12月1日对外正式挂牌开诊。职工26人，其中医务人员21人，内有医师(士)16人；医疗用房280平方米；临床及辅助科室有治疗科、镶牙科、技工科、牙科X光室、消毒室等，牙科椅位7张；开诊第一天门诊130余人次。 1953年，门诊量43652人次，有奇异牌（美国）壁嵌式牙用10毫安X光线机1台和国产牙用10毫安X光线机2台。1957年初，第四军医大学口腔医院从南京迁往西安。此后，南京市立牙症防治所门诊量大增。1957年底，职工83人，其中医务人员50人，内有医师33人，牙椅25张，房屋面积600平方米，年门诊量81615人次，各种手术、修复体33752件次。经南京市卫生局批准，在鼓楼广场东北角，中央路30号，扩建市立牙症防治所，年底动工。

三、南京市口腔病防治院（1958年5月1日-1984年7月）
1958年5月1日，成立南京市口腔病防治院，地址中央路30号，新建的三层口腔大楼医疗用房面积扩大到2610平方米。建院初期沿用的治疗科、镶牙科的编制已不适应业务发展，故将两个业务科室扩大为口腔内科、口腔外科、口腔矫形科、口腔病预防科4个临床科室和急诊室、注射室、化验室、药房、X光室等5个辅助科室；拥有简易综合治疗台15张、升降牙椅45张、折叠牙椅15张，牙科电机36部，痰盂灯30架，牙科X光线机3架，简易病床10张。这一编制的确立，有利于科室之间的协调配合和技术项目的研究与发展，业务技能得到明显提升，医疗环境明显改善，办出了专科特色。职工96人，其中医生37人、技术人员10人、护理人员18人、药剂员2人、行政勤杂人员23人、临时工6人，职工人数比1949年增加了4.65倍，比1952年增加2.69倍。年门诊量104778人数，比1949年增加19.95倍，比1953年增加1.40倍。

四、南京市口腔医院、南京大学医学院附属口腔医院、南京大学口腔医学院（1986年11月19日至今）
1986年11月19日，经上级部门批准，南京市口腔病医院正式更名为南京市口腔医院，更名后的口腔医院焕发出空前的生机和活力，从此，医院发展进入了全盛阶段。1993年,以改革开路,打开医院工作新局面。1994年1月25日，在中山南路241号开设第一个分门诊部。1994年12月1日，经国家教委批准，成为南京大学医学院附属口腔医院。1995年7月24日，被评为江苏省第一家三级口腔医院。1996年12月6日，成立南京市鼓楼医院集团口腔医院。这一时期的改革探索为医院进入新世纪的快速发展奠定了良好基础。1997年开始承担南京大学医学院口腔医学七年制本硕连读教学工作。2000年12月，被国务院学位办授予口腔临床医学硕士点。2000年，一幢装备现代化设施的17层口腔医疗大楼落成。2004年至2006年，在全省三级医院运行情况考核中，我院综合评价指标连续三年名列第一。2007年，医院投资600万元改造门诊就诊环境。2007年11月，顺利通过江苏省三级甲等口腔专科医院复核评审。2007年12月，迎来建院60周年庆典。2008年医院斥资200万元，打造全新的具有现代化功能的实验教学基地，顺利通过教育部评审，成为南京大学口腔医学一级学科。2008年8月，由胡勤刚院长主编的《口腔医学导论（双语）》课程获国家级双语教学示范课程，是全国100个示范课程中唯一一个口腔医学课程。2008年10月，顺利通过国家药物临床试验机构资格认定，为国内首批获此资格的口腔专科医院。2009年7月19日，成立南京大学口腔医学院，为我院科研、教学的发展搭建了新的平台。2009年8月3日-5日，成功举办“首届世界大学联盟口腔医学论坛”，来自国内外25所著名大学的300余名专家学者汇聚南京，这是世界大学联盟首次在中国举办医学及生物学国际学术交流活动。2009年8月4日，与英国利兹大学签署成立“南京大学利兹大学口腔医学合作中心”。2010年设立口腔医学硕士一级学科，4月30日，与美国密西根大学牙医学院签署合作交流协议。2012年设立南京大学口腔科学二级博士点。2014年通过教育部口腔医学教学指导委员会对南京大学口腔医学专业认证。2017年4月,新医疗综合楼试运行，建筑总面积5.3万平方米。为方便患者就医，在全市开设五个分门诊部。2006年9月20日在大光路139号开设第一门诊部。2010年4月28日将原中山南路241号分门诊部迁至中山南路239号，更名为第二门诊部。2006年3月26日在湛江路69号开设第三门诊部。2008年7月26日在红山路高家村43号开设第四门诊部。2012年在庐山路开设南苑门诊部，2014年5月1日，迁至庐山路94号，更名为第五门诊部。